Экологические зоны Байкальской природной территории включают центральную экологическую зону, буферную экологическую зону и экологическую зону атмосферного влияния.

В соответствии со ст. 2 Федерального закона «Об охране озера Байкал» центральная экологическая зона Байкальской природной территории включает в себя озеро Байкал с островами, прилегающую к озеру Байкал водоохранную зону, а также особо охраняемые природные территории, прилегающие к озеру Байкал.

Буферная экологическая зона Байкальской природной территории — территория за пределами центральной экологической зоны, включающая в себя водосборную площадь озера Байкал.

Экологическая зона атмосферного влияния – территория вне водосборной площади озера Байкал, до 200 километров на запад и северо-запад от него. Здесь расположены хозяйственные объекты, деятельность которых оказывает негативное воздействие на уникальную экологическую систему озера Байкал.

Внешняя граница центральной экологической зоны БПТ проходит по внешним границам ООПТ (Байкало-Ленскому, Баргузинскому и Байкальскому заповедникам, Прибайкальскому, Забайкальскому, Тункинскому национальным паркам, Фролихинскому, Прибайкальскому, Энхэлукскому, Снежинскому заказникам) и главным водоразделам основных хребтов, окружающих озеро Байкал (Приморский, Байкальский, Верхне-Ангарский, Баргузинский, Голондинский, Улан-Бургасы, Морской, Хамар-Дабан).

Экологическое зонирование Байкальской природной территории осуществляется в целях сохранения уникальной экологической системы озера Байкал и предотвращения негативных воздействий хозяйственной и иной деятельности на ее состояние.

В соответствии с распоряжением МПР России в течение трех месяцев разработает и утвердит единые образцы знаков для обозначения экологических зон Байкальской природной территории и их границ.

04/12/2006